Το 1981 ήταν μια χρονιά σταθμός για το καρπαθιακό ποδόσφαιρο. Ήταν η χρονιά που άνοιξαν τα ποδοσφαιρικά σύνορα του νησιού μας, και η επιθυμία και προσπάθεια κάποιων φίλων του ποδοσφαίρου, αλλά και του τότε προέδρου Γιώργου Αλεξίου όσο και των προκατόχων του, να βάλουν την Κάρπαθο στον ποδοσφαιρικό χάρτη της Δωδεκανήσου έγινε πραγματικότητα. Η Κάρπαθος θα είχε ομάδα στην Γ' Τοπική κατηγορία της ΕΠΣΔ και θα αγωνιζόταν επιτέλους σε ένα επίσημο πρωτάθλημα. Τότε αποφασίστηκε ότι ο ΠΟΣΕΙΔΩΝΑΣ, ομάδα που είχε δημιουργηθεί το 1946 από Πηγαδιώτες και τον αείμνηστο Λάζαρο Κοσμά είχε όλα τα εχέγγυα να γίνει η ομάδα που θα εκπροσωπούσε την Κάρπαθο. Και έτσι ο ΠΟΣΕΙΔΩΝΑΣ έγινε η ομάδα ολόκληρης της Καρπάθου.
Από τότε ανελλιπώς μέχρι και σήμερα, και παρά τις δυσκολίες που δημιουργούνται βάση της απόστασης και των συγκοινωνιών, όλα τα Δ.Σ. κατάφεραν να αντεπεξέλθουν και να κρατήσουν την ομάδα του νησιού μας εκεί που της αξίζει.
Στη δεύτερη του σεζόν στη Γ' κατηγορία (1982-83) προκρίθηκε για πρώτη φορά στη Β' κατηγορία (1983-84). Απέναντι σε όλα τα προγνωστικά, η ομάδα μας επανέλαβε την επιτυχημένη πορεία της προηγούμενης σεζόν, καταφέρνοντας να ανέβει στα μεγάλα σαλόνια του Δωδεκανησιακού ποδοσφαίρου (1984-85) με διαδοχικές προκρίσεις μέσα σε δύο χρόνια.
Η μεγαλύτερη στιγμή στην ιστορία του συλλόγου μας μέχρι τότε ήταν πρώτη μας συμμετοχή στην Α' Δωδεκανήσου. Η ομάδα μας δυστυχώς δε κατάφερε να παραμείνει στη κατηγορία, γνωρίζοντας τον υποβιβασμό για πρώτη φορά στην ιστορία της. Θα περνούσαν έξι ολόκληρα χρόνια μέχρι να συμμετείχε ξανά ο Ποσειδώνας στην αφρόκρεμα του Δωδεκανησιακού ποδοσφαίρου.
Το πρώτο πέρασμα του Γιάννη από το τεχνική ηγεσία του συλλόγου μας έφερε στην ομάδα και το πρώτο της πρωτάθλημα Β’ κατηγορίας τη σεζόν 1996-97 καθώς και τη τρίτη συμμετοχή της ομάδας μας στη ύψιστη κατηγορία του Δωδεκανησιακού ποδοσφαίρου.
Οι ακαδημίες ποδοσφαίρου του Α.Σ. Καρπάθου «Ποσειδών» ιδρύθηκαν το 2006 από τον Σύνδεσμο Παλαιμάχων Ποσειδώνα Καρπάθου, που επιχείρησε μια καινοτόμο προσπάθεια για τα δεδομένα της Καρπάθου. Κατάφερε να οργανώσει ένα αξιόλογο πρόγραμμα ακαδημιών στα πρότυπα μεγάλων σωματείων να σκεπάσει κάτω από ένα συγκεκριμένο πρίσμα τη διάθεση για άθληση των νέων της Καρπάθου. Από το 2012 οι Ακαδημίες πέρασαν από τον Σύνδεσμο Παλαιμάχων στον Α.Σ.Κ. «Ποσειδών» στα πλαίσια της ένωσης και συνεργασίας των δύο συλλόγων για το καλό του Καρπαθιακού ποδοσφαίρου.
Τη δεκατία 2010 - 2020, ο σύλλογος μας έχει πραγματοποίησε τεράστια βήματα προόδου σε όλους τους τομείς, ιδιαίτερα από το 2012 και μετά.
Τον Οκτώβριο του 2012, η προεδρική σκυτάλη του συλλόγου πέρασα στα χέρια του βετεράνου τερματοφύλακα Ιωάννη Βιτώρη. Η προεδρική αλλαγή έφερε διαδοχικές αλλαγές στο Δ.Σ. στην ομάδα αλλά και στις ακαδημίες του συλλόγου.
Από το 2012 η ποδοσφαιρική ακαδημία πέρασε από τον Σύνδεσμο Παλαιμάχων στον Α.Σ. Καρπάθου «Ποσειδών» στα πλαίσια της ένωσης και συνεργασίας των δύο συλλόγων για το καλό του Καρπαθιακού ποδοσφαίρου.
H επιστροφή του Γιάννη Καραμηνά στο πάγκο της ομάδας σηματοδοτήθηκε από τρεις ανόδους κατηγοριών, δύο από αυτές μάλιστα διαδοχικές για να επαναλάβει τον άθλο της θρυλικής ομάδας του 1981-85, το δεύτερο πρωτάθλημα Γ' κατηγορίας και το δεύτερο πρωτάθλημα Β' κατηγορίας για το σύλλογο, καθώς και πέντε (5) συμμετοχές στο πρωτάθλημα της Α' Δωδεκανήσου, τέσσερις (4) από αυτές συνεχόμενες και πρώτη φορά στην ιστορία του συλλόγου που βρίσκεται στην Α' κατηγορία για δεύτερη διαδοχική χρονιά.
Το 2016 άλλο ένα νέο μεγάλο στοίχημα της διοίκησης Βιτώρη εξαργυρώθηκε, με το Δημοτικό Γήπεδο Πηγαδίων να αποκτά συνθετικό χλοοτάπητα και να λύνει τον γόρδιο δεσμό τουλάχιστον δύο δεκαετιών για το σύλλογο μας. Ο Ποσειδώνας Καρπάθου αποκτά επιτέλους το γήπεδο που αρμόζει, στη φυσική του έδρα, με ένα καθαρά ποδοσφαιρικό γήπεδο.
Τον Οκτώβρη του 2019, το γήπεδο μας απέκτησε ακόμα ένα σημαντικό θεμέλιο με την τοποθέτηση πυλώνων φωτισμού, το οποίο "έλυσε" τα χέρια του συλλόγου από το επίσης χρόνιο πρόβλημα σχετικά με τη διαθεσιμότητα του γηπέδου τις νυχτερινές ώρες.
Η δεκαετία που διανύουμε ξεκίνησε με την ακύρωση της πρώτης σεζόν μετά την 3η αγωνιστική του πρωταθλήματος της Α' κατηγορίας 2020-21 εξ αιτίας της πανδημίας του Κωροναϊού, ενώ από την επόμενη μέχρι και σήμερα συνεχίζει να πρωταγωνιστεί στην Α' κατηγορία Δωδεκανήσου. Η ομάδα μας μπήκε στην νέα δεκαετία με τον Γιάννη Καραμηνά στα ινία της ανδρικής ομάδας και την τελευταία όμως σεζόν του Γιάννη Βιτώρη στη θέση του προέδρου του συλλόγου, μετά από 9 ολόκληρα χρόνια. Οι εκλογές Διοικητικού Συμβουλίου του Οκτωβρίου του 2021 ανάδειξε τον κ. Κοσμά Γιαλλουράκη ως νέο πρόεδρο του συλλόγου.
